I juli 1942 arresterte franske politimenn 13000 franske jøder og sperret dem inne i på den enorme sykkelstadion Vélodrome d`Hiver i sentrum av Paris. På oppdrag fra tyskerne skulle så jødene transporteres til konsentrasjonsleire. Dette er historien fortalt gjennom 11 år gamle Josephs øyne.

Med utryddelsen har ikke regissør Roselyn Bosch bare laget et storslått historisk drama. Hun har også foretatt vesentlig historisk dokumentasjon. Gjennom mange år har hun intervjuet overlevende for å kunne gjengi, så eksakt som mulig, et av de mørkeste kapitlene i fransk krigshistorie.
Utryddelsen er i stor grad basert på Jo`s vitneutsagn, og vi følger gutten fra hans ubekymrede liv i Montmartres gater, til hans møte med menneskehetens mest grufulle ansikt, og Vichy-regimets skjebnesvangre unnfallenhet.